Con Truecrypt puedes usar una partición de tu disco o crear un archivo para generar un disco virtual protegido y encriptado.
El sistema de protección es realmente bueno pero también es cierto que no es para principiantes. El programa viene en inglés así que más vale que sepas lo que haces antes de aceptar y aceptar. Te recomiendo usar un archivo para hacer tus pruebas sin correr riesgos.
Puedes descargarte el programa gratuito aquí o si quieres saber más sobre esta aplicación, visita su web.